西安交通大學醫學部藥學院前身為創建于1971年的西安醫科大學藥學系，1996年成立西安醫科大學藥學院。2000年原西安交通大學、西安醫科大學與陜西財經學院三校合并組成新的西安交通大學后，成為西安交通大學藥學院。2004年7月學校進行院系調整，成為醫學院藥學系。2013年6月學校醫學教育體制改革，組建了西安交通大學醫學部藥學院。

學院現有專職教師及研究人員63名，其中院士3名（兼職教授），教授11人，副教授21名，博士生導師11名，碩士生導師31名，教育部新世紀人才2名，?！扒嗄臧渭馊瞬胖С钟媱潯比脒x者2名。藥學學科設有藥物分析和藥理學博士點、藥學一級學科碩士點和藥物分析、生藥學、藥物化學、藥劑學、天然藥物化學、藥事管理學、藥理學等碩士點。藥學院下設藥物化學系、藥劑學系、藥物分析學系、天然藥物化學系、生藥學系、藥事管理與臨床藥學系、藥學教學實驗中心、藥物研究所等機構；重點實驗室和研究中心主要有：國家地方聯合工程研究中心、國家中醫藥管理局中藥分析實驗室、陜西省天然藥物與工程重點實驗室（三級）、藥學教學實驗中心、藥劑學研究室、藥物化學研究室、藥物分析研究室、生藥學研究室、藥事管理學研究室等。另外，藥學院為全國醫學教育學會藥學教育研究會常務理事單位，為陜西省執業藥師培訓中心西安交通大學培訓點，主辦有《西北藥學雜志》和全英文期刊《Journal of Pharmaceutical Analysis》。

40余年來藥學院扎根西部、服務國家，根據經濟發展需求，跟蹤藥學領域國際發展方向，積極開展學科前沿基礎研究和面向產業的高技術開發研究。主要研究方向有：創新藥物與中藥開發研究，細胞膜色譜基礎理論與技術研究，中藥方劑物質基礎與體內過程分析研究，天然藥物物質基礎分析研究，蛋白質組學與藥物作用靶點研究，藥物新制劑、新技術研究，藥物質量控制新方法研究，天然藥物化學有效成分與活性物質研究，藥物合成工藝與藥物構效關系研究，生藥品質評價，藥事法規、藥事管理與藥物政策、藥品安全與合理用藥研究等。

近幾年，承擔國家“重大新藥創制”科技專項項目、國家自然科學基金“重大科研儀器研制專項”項目，國家自然科學重點項目、面上項目等，部、省級重大和自然科學基金項目等70余項，累計科研經費4600多萬元；獲國家技術發明二等獎1項，省部級科技進步獎7項，獲得和申請國家發明專利50余項，開發創新藥物5個，發表學術論文500余篇，其中SCI收錄300多篇，出版著作、教材80余部。

信息更新：2016年6月6日